Berikut adalah struktur organisasi situs portal MasjidKotaBogor.com. beserta fungsi masing-masing komponen
1. Departemen Agama
- Memberikan payung kebijakan terhadap fungsi sistem.
- Memberikan arahan konsep dan motivasi kepada masjid-masjid binaan tentang pentingnya pemanfaatan masjid online Menjadi lembaga penyedia informasi dan validator terhadap informasi yang terkait erat dengan nilai religius fundamental
2. Masjid Raya
- Menjadi pusat administrasi operasionalisasi masjid online
Penjamin kualitas informasi dan sistem yang berjalan.
- Sumber kebijakan operasional sistem dan secara konsisten melakukan monitoring terhadap berjalannya sistem.
3. D K M
- Memanfaatkan fasilitas masjid on-line untuk mengoptimalkan manajemen masjid dan penyebarluasan informasi.
- Melakukan input informasi bagi masjid yang bersangkutan.
- Menjaga aset masjid on-line pada lingkungannya.
4. Dinas Informasi, Kepariwisataan dan Kebudayaan
- Memberikan dukungan teknis terhadap operasionalisasi masjid online.
- Membantu proses penyempurnaan masjid online secara terus menerus melalui sinergi yang baik antara seluruh entitas yang ada.